Im Jahre 1098 gründete der Benediktinerabt Robert von Moesme in Citeaux mit einundzwanzig Mönchen ein Reformkloster, das zur Wiege des Zisterzienserordens wurde. Besonders unter dem Hl. Bernhard von Clairvaux (1090-1153), der sich 1112 mit 30 Gleichgesinnten dem Orden anschloß und selber 72 Klöster gründete (z. B. La Ferté 1113, Pontigny 1114, Clairvaux 1115 und Morimond 1115), nahm der Orden einen enormen Aufschwung. Nach ihm wird der Orden auch Bernhardiner genannt; die Tracht bestand aus einem weißen Talar und schwarzem Skapulier.

Bernhard war zwar kein Gegner der Wissenschaft, aber nicht das verstandesmäßige Begreifen, sondern das gläubige Erleben Gottes war für ihn entscheidend: er gilt deshalb als einer der Begründer der mittelalterlichen Mythik. Er war nicht nur ein begabter Prediger, sondern auch Kirchenpolitiker, der die Mißstände in der Kirche bessern wollte.

Die Anfänge des Ordens sind bis heute nicht ganz einwandfrei geklärt: mit der "Carta caritatis", die Papst Calixt II. 1110 bestätigte, wurde die strenge Benediktiner-Regel durch eine Ordensverfassung, die es sonst nirgends vorher gab, ergänzt. Jedes Mutterkloster hatte die gegründeten Tochterklöster regelmäßig zu visitieren, wirkte bei der Wahl der Äbte mit und wurde seinerseits jährlich von dem in Citeaux zusammentretenden Generalkapitel aller Äbte beaufsichtigt.

Die Ordensleute sollten in asketischer Einfachheit, Gebet und Arbeit (das Motto des Ordens lautete deshalb auch "Ora et Labora" = "Bete und Arbeite") nicht von den Einkünften des Klosterbesitzes, sondern von dem Ertrag ihrer Handarbeit leben, die Seelsorge sollte den Weltgeistlichen überlassen werden. Die Zisterzienser gründeten ihre Klöster gerne in waldigen oder wüsten menschenleeren Gebieten; vorbildlich war ihr Wirken bei der Rodung und Kultivierung des Bodens, der Verbesserung der Viehzucht, des Gartenbaus und der Viehzucht.

In Deutschland war das Kloster Kamp im Jahre 1123 ihre erste Gründung; unabhängig von Kamp entstanden Klöster in Ebrach im Steigerwald und in Altenberg bei Köln. In der Mitte des 12. Jahrhunderts besaß der Orden in Deutschland schon ca. 50 Klöster.